在1999年,一艘外星宇宙战舰坠落到了地球,人们用明晰十年的时间修复并取名为"MACROSS"。2009年,MACROSS要塞正在举办一场偶像歌星林明美(饭岛真谛 配音)的演唱会,骤然空袭警报响起,要塞开始了变形。战争中,一条辉(
长谷有洋 配音)驾驶着变形战争救下一名少女,战机却由于速率过快撞进外层舱室。安定后,辉发觉救得是林明美。俩人相识后,为使明美高兴,辉偷开教练机带着明美去兜风。仇敌乘隙显现,好在同伙这时挺身相救,经由一场混战,辉和早濑未沙(
土井美加 配音)醒过来,发觉在一个荒凉的星球上。他们了解到,五十万年前,一个叫"普罗多"的古代文明进展到顶盛时,已经可以借遗传暗码无性生殖子女,于是国度盘据为由男性组成的"杰特拉帝"和由女性组成的"赫而特兰帝"开始了长达数万年的战争。在战争中文明急剧阑珊了,已经巨大的文化被遗忘殆尽,退化成了只会战争的种族,为了维护平和,他们将会采取怎样的行动……
《超時空要塞》是1982至83年间播出的一部电视动画,本片在其基础上精简改编而成。