依据汗青真实事件改编而成的《重庆谍战》，讲述了抗日战争期间，国民党政府为了破译日军暗码，约请美国的暗码破译专家雅德利(山鹰 饰)到场自身的营垒，并兴办了“黑室”暗码破译基地的故事。 1937年，抗日战争全面迸发，南京失守，国民党政府迁往陪都重庆。但日本空军多次轰炸重庆，中国军民死伤无数。重庆政府决策树立中国的暗码谍报机构。调派间谍秦骜(刘小锋 饰)去武汉劫掠人称“暗码之父”的美国专家雅德利。在武汉，秦骜终于见到失散两年的未婚妻扈渝雯(汪芫 饰)，后者已经成为武汉中共地下党员陆涯(董勇 饰)的妻子。秦骜的显现，突破了她这两年平静的生计。雅德利不肯去重庆服务。而武汉日军也不断派人暗杀雅德利。此时地下党员陆涯接到上级使命，让他协助重庆来的秦骜，将雅德利送往重庆。在执行使命的通过中，陆涯发觉原来妻子渝雯竟然是国民党间谍。但陆涯仍维持顾全大局，拯救秦骜、渝雯于危难之中，带着雅德利一起来到了重庆黑室。这个技术机构在国共协作的大配景下树立，陆涯、秦骜、渝雯、雅德利等人都到场了黑室。黑室众人连合一心，在破译日军谍报方面，屡有斩获。但平静的日子总诟谇常短暂，某日，黑室为了召开军事会议而采用的最高级其余三A级暗码本被雅德利偷走，在黑室大老板唐大铭(仇永力 饰)的放置下，陆涯受命带人追捕“叛徒”雅德利。但其实，这是唐大铭为了查出黑室中历久隐匿的内奸“独臂大盗”而实施的“垂纶行动”。陆涯的共事李克江等人系数被日自己杀害，陆涯孤身逃出。由于只要陆涯一人生还，因此被黑室认定便是内奸“独臂大盗”。陆涯不能证实自身的清白，只能孤身逃亡。秦骜受命牢牢追捕陆涯。陆涯陷入危难，渝雯骤然显现，以秦骜的性命相劫持，匡助陆涯逃脱。秦骜对陆涯的加倍悔恨，发誓一定要亲手捉住陆涯。陆涯和渝雯共同患难，二人重归于好。陆涯和渝雯联手，设计找出和“独臂大盗”连结单线关联的日本间谍“四姐”。在探求线索的通过中，陆涯不测发觉唐大铭竟然和四姐过从甚密。此时，黑室秘藏的三A级暗码本再度丢失，黑室陷入一片紊乱。秦骜也发觉唐大铭的举动有颇多疑点。于是秦骜自动和陆涯示好，二人互通音讯，发觉疑点都指向唐大铭。正当两人欲联手拿住唐大铭凭据之时，唐大铭骤然遭逢暗杀。同一时刻，陆涯从日自己手中抢回了真正的暗码本。听闻唐大铭已死，陆涯对秦骜诞生了怀疑。此时不停以来被以为已经捐躯的李克江忽然显现。他行踪诡秘，加倍使局面错综复杂。其实，真正的独臂大盗是秦骜。李克江死里逃生回归拜别，骤然现身，在巨大的精力刺激下，秦骜向李克江承认了统统究竟，并注解改邪归正的决心，李克江信赖了秦骜，为了让秦骜可以脱节怀疑，日后可以对国度做更多有益的事变。李克江替秦骜顶下了内奸的骂名，并被秦骜亲手杀死。尽管李克江作为“独臂大盗”死去，但仔细的陆涯还是发觉了秦骜的各种可疑迹象，仍然怀疑秦骜才是真正的独臂大盗。但陆涯苦于无奈找到证据。这时渝雯骤然发生车祸，脑部受到重击，失去了一切和陆涯的影象，只记得自身曾是秦骜的未婚妻，并重新投入秦骜的怀抱。陆涯陷入疾苦之中。但其实这是渝雯的一个计策，她用自身来实施“丽人计”，她成为秦骜的妻子，在每天相处的环境下困难探求着证据。赴汤蹈火，渝雯终于找到了确实的证据。但紧接着，她差点被秦骜身边安插的日自己奸细杀害，岌岌可危之际，秦骜显现，杀死了日本奸细，放走了渝雯。渝雯逃回黑室，从她带回的证据中找出日军方面有关SQ4的谍报，SQ4是一种杀伤力巨大的病菌，日本要在重庆散发这种病菌，造成细菌战。陆涯剖析出秦骜可能早已改邪归正。切实，秦骜早已成为埋伏在日自己身边的眼线。为了珍爱中国人的安全，秦骜以捐躯自身的生命为价值，毁灭了一切SQ4。但在黑室的上级中仍然隐蔽着日本奸细“千手观音”。为了实施日军丧心病狂的细菌战设计，“千手观音”也不吝让自身身罹病毒，使得病毒继续在重庆蔓延。陆涯自告奋勇，与“千手观音”同陷火海之中，捍卫了重庆的安全……夕阳西下的天涯，有身的渝雯满面泪水地看着烈烈焚烧着的火海，看着自身的爱人与仇敌同归于尽。 1945年抗战胜利。神州处处，都有英雄的斑斑血泪，无尽英魂。
